原料には、鮮魚、冷凍魚、煮干、素干しなどが用いられます。いずれも鮮度がよく、形の整ったものであり、かつ異物混入の少ないものがよい原料と言えます。煮干、素干しを原料とした場合は、目視で異物を取り除くほか、金属探知機やＸ線を使用することもあります。一方、冷凍魚の場合は、自然解凍して使用します。

鮮魚や冷凍魚の場合、原料を水で洗うことにより、鱗や表皮に付着した異物を洗い流すとともに、異物を比重差で除去します。

※使用する用水については水道法でいう飲用適の水（水道水または衛生的に水道水以上の水）を使います。井戸水については水道水の基準に沿って年に二回以上の食中毒菌や一般生菌数などの細菌検査、また化学検査を行い、安全性を確かめなければなりません。井戸水の殺菌には、次亜塩素酸ナトリウムを自動滴下装置などで末端（蛇口）の遊離残留塩素濃度が0.1ppm以上を保持することが必要です。また、貯め水には細菌の汚染や増殖、また化学物質の混入が懸念されるので特に注意が必要です。

原料および副原料を正確に計量し、調味液を配合します。繰り返し使われて甘みのこなれた調味液（差し液）を加える場合もあります。これらの計量記録を残すことも検討事項やクレーム処理などに利用するため大切な仕事になります。また、食品衛生法で使用基準のある保存料・ソルビン酸は、佃煮１ｋｇに対してソルビン酸として含まれる量が1.0ｇ以下として規定されているので、計量や混合に際しては正確さが要求されます。

※砂糖は、一般に中白といわれるやや黄色みがかった砂糖が使われます。砂糖は甘味料としてだけでなく、製品に光沢を付与し、日持ち向上の水分活性に関与します。
また、吸湿性があるので乾燥した場所（湿度約７０％以下）で保管することが大切です。

※水飴は、一般に糖質８５％、水分１５％で、甘みは砂糖に劣りますが、さわやかな甘さや、つややかな粘着性を調味と物性に利用します。また、水飴のほかに蜂蜜やソルビット（糖アルコール）なども利用することがあります。

一般に佃煮類は製造即出荷ですが、糖分濃度が高いため冷凍による原料の変性が極めて少ないと考えられています。このことから、製品を冷凍保管することで生産を調節できるようになりました。

佃煮類は常温流通が一般です。しかし、最近の消費者の嗜好は低塩・低糖の要望が強く、低塩・低糖の製品は水分活性の上昇で、日持ちの低下が懸念されるところです。このような製品は10℃以下の流通が必要になってきます。

わかさぎ甘露煮の表示例

出典：佃煮加工場の品質・衛生管理（大日本水産会発行）